Mikan Sakura è un'orfana di dieci anni che vive in un paesino sperduto con il nonno.
La storia si apre con Mikan che scopre all'ultimo minuto che la sua migliore amica, Hotaru Imai, sta per partire per la prestigiosa Alice Academy, un'accademia per super-geni.
Col passare del tempo, però ci sono sempre più pettegolezzi. Hotaru non torna a casa per le vacanze come aveva promesso ed in giro si vocifera che quela dov'è andata Hotaru non sia una scuola, ma una specie di prigione.
Allora Mikan prende una decisione: scappa di casa, lasciando una lettera al nonno, per andare fino a Tokyo a trovare la sua amica all'Alice Academy.
Questo però sembra impossibile: l'Alice Academy è un posto esclusivo, dove nessuno tranne alunni e professori possono entrare.
Due uomini però, promettono a Mikan di portarla in una scuola di preparazione che le permetterà sicuramente di accedervi. In questo frangente, un professore dell'Alice Academy li vede e salva Mikan dai truffatori in un modo piuttosto... "eccezionale".
Di lì a poco, Mikan assiste anche ad un tentativo di fuggire dalla scuola di un ragazzo, Natsume Hyuuga, dotato di un potere eccezionale: può controllare il fuoco.
Infatti Mikan scopre che l'Alice academy non è un posto per geni, ma per ragazzi con poteri speciali chiamati "Alice".
Inaspettatamente, il professore le permette di entrare, affermando che anche lei ha un Alice...
Inizia così l'avventura di Mikan all'Alice Academy, un luogo dove non tutto è idilliaco come appare ed ogni cosa sembra nasconderle un segreto: dal passato di quel misterioso ragazzo di nome Natsume, alla fantomatica "classe di abilità pericolose", nulla sembra essere davvero come appare.
Anzi, persino la stessa Mikan Sakura sembra avere un segreto... di cui neanche lei è a conoscenza.